Pozbawiona obiektywizmu jest również krytyczna ocena rozwiązania ustrojowego
polegającego na ponownym połączeniu urzędu Ministra Sprawiedliwości z urzędem
Prokuratora Generalnego.

Polska Konstytucja nie przesądza o ustrojowym
usytuowaniu prokuratury, a krytykowane przez Komisję rozwiązania funkcjonowały
już w warunkach demokratycznego państwa polskiego w latach 1990 – 2010.

Podkreślić należy, że w państwach demokratycznych istnieją różne modele
funkcjonowania prokuratury.

Ustawodawca nie jest tu ograniczony normami prawa
międzynarodowego, które nie wprowadzają sztywnych reguł nakazujących
usytuowanie prokuratury w określonej relacji z władzą wykonawczą, ustawodawczą
czy sądowniczą.

Rozwiązania, w których minister sprawiedliwości dysponuje
szerokimi uprawnieniami do ingerencji w działalność prokuratury (w tym w sprawach
indywidualnych) funkcjonują w szeregu państw europejskich, np. w Niemczech,
Francji, Belgii czy w Luksemburgu). Model prokuratury podporządkowanej władzy
wykonawczej funkcjonuje też w Austrii, Francji, Czechach, Hiszpanii, Holandii i
Rumunii. Równorzędność modelu prokuratury opartej na zależności od rządu w
stosunku do modelu prokuratury niezależnej od władzy wykonawczej przewiduje
rekomendacja Rec (2000) 19 Komitetu Ministrów Rady Europy w sprawie roli
prokuratury w wymiarze sprawiedliwości w sprawach karnych.

Należy przy tym podkreślić, że między urzędami Ministra Sprawiedliwości i
Prokuratora Generalnego istnieje jedynie unia personalna,
a kompetencje przypisane do obu tych urzędów są względem siebie autonomiczne.

Prokurator Generalny jest naczelnym organem prokuratury i wykonując zadania w tej
sferze nie podlega kierownictwu żadnego innego organu państwa, a w szczególności
Prezesa Rady Ministrów. Ponadto działalnością prokuratury faktycznie kierują
zastępcy Prokuratora Generalnego, którzy są apolitycznymi prokuratorami.

Szczególnie istotna jest tu pozycja Prokuratora Krajowego, który jako Pierwszy
Zastępca Prokuratora Generalnego posiada szereg własnych kompetencji,
wynikających wprost z ustaw, a ponadto – podobnie jak pozostali zastępcy
Prokuratora Generalnego – może być odwołany z urzędu jedynie za zgodą Prezydenta RP.